Клуб основан в 1927 году. В первые два десятилетия своего существования выступал исключительно в чемпионате Дагестана.

Клуб стал восьмикратным чемпионом Дагестана (1937, 1938, 1939, 1940, 1946, 1953, 1954, 1957).

В 1946 году команда дебютировала в чемпионате СССР.

Ярчайшее поколение динамовцев подобралось в конце 80 – начале 90-х. В это время здесь начинали карьеру местные воспитанники – будущий многолетний капитан и легенда израильского «Маккаби» из Петах-Тиквы Мурад Магомедов; Михаил Куприянов и Нарвик Сирхаев – будущие чемпионы России в составе московских «Спартака» и «Локомотива»; лучший бомбардир в российском футболе Ибрагим Гасанбеков.

А самые большие успехи махачкалинского «Динамо» в его российской истории связаны с именем Леонида Назаренко. В 2003-м году команда получила заветную путёвку в первый дивизион, где «Динамо» выступал на протяжении трех сезонов.

После сезона-2006 клуб не получил лицензию, подтверждающую его профессиональный статус, и фактически перестал существовать.

В июне 2021 года «Динамо» по инициативе Главы Дагестана Сергея Меликова был официально возрождён на базе клуба «Махачкала».